據臺灣《中國時報》報導，臺灣海釣船“聯合號”遭日艦撞沉事件，台當局召回“駐日代表”許世楷，升高抗議力道。前臺軍方高層、淡江大學戰略所教授林中斌15日表示，從這次馬英九團隊的處理，顯示台當局在對外政策基調的轉變，發展兩岸關係為優先，台日關係可預期會趨於弱化，不像民進黨時代積極。 

林中斌指出，台當局外事部門召回“駐日代表”，主要是展現視馬團隊對釣魚島主權及漁民權益的強硬態度；但台日會基於雙方利益與戰略需求處理爭議，他認為日本很可能會“冷處理”釣魚島爭議，不會鬧到不可收拾的地步。

他表示，馬團隊在政策順序上是經濟發展優先，然後才是政治尊嚴、軍事安全；在發展經濟為主軸的情況下，自然與大陸打開僵局是最重要的，優於與“邦交國”的“名義外交”，或是與美日歐間的“實質外交”。政黨輪替後，在台、日都積極與大陸拓展關係的基礎上，台日關係可能趨弱化。