由國務院批准，在日前國家發改委和交通部聯合編制的《全國內河航道與港口佈局規劃》中，肇慶港列為全國內河主要港口。據悉，肇慶將以此為契機，發揮西江黃金水道優勢，使港口物流經濟帶動區域經濟的發展，建成西江流域物流樞紐城市，全市港口輸送量將達到1500萬噸。

肇慶境內現有西江、綏江、北江、賀江等通航河流6條，幹流通航里程529公里，其中，貫穿肇慶的西江是國內內河流量僅次於長江的珠江水系幹流，是國家重點建設的“一縱兩橫兩網”內河交通要道中的“一橫”。西江上游連通廣西、貴州、雲南等省(區)，是珠三角和沿海地區連接大西南各省(市、區)的重要通道，也是大西南各地的重要出海口之一。西江航道通航里程為1225公里，其中肇慶段為218公里屬於國家一、二級，占廣東全省統計航道的35.1％。據瞭解，被列為廣東省“十五”期間內河航運建設重點專案的西江下游“肇慶——虎跳門”168公里航道整治工程的主體工程已經完成，3000噸級海輪可直達肇慶。而肇慶至界首171公里航道建設正在按照內河二級航道標準進行整治，工程完工之後通航能力將從原來的1000噸級提高到2000噸級，2000噸級內河船舶可從該市封開界首直達珠江三角洲。專家稱，兩條航道的整治後，肇慶的航道運輸能力相當於南昆(南寧——昆明)和黔貴(貴陽——桂林)兩條鐵路的運力之和。同時，肇慶的航道與海運乃至近洋運輸實現對接，直接通往中國沿海和近洋國際市場，可不通過廣州、深圳中轉，提高了肇慶港口物流業的競爭優勢。

目前，肇慶轄區內已經建成的大小碼頭有153個，2006年全市物流總量達到4190萬噸，物流企業發展到69戶。