附牛頓有兩部不朽的偉作，第一部是《數學原理》，1687年出版。17年後出版了第二部大作《光學》。

《數學原理》第三卷，卷名是〈世界的系統〉，其最後一段只有四頁多長，名為＜總附註＞（General Scholium）。雖然稱為附註，卻是他這本書《自然哲學的數學原理》的最後結論。

牛頓在＜總附註＞裡說：“太陽、行星、慧星，組成的這個最美麗的系統，只能是由一位有智慧、有權能的上帝計劃支配之下，才會發生。若其它的恒星，也是其它相同系統的中心，這些也都是出於上帝的心意，也是在祂的管理之下。……”

“在物質世界中，我們看見物体的体積、色彩，我們聽見聲音，我們摸到物体的外表，我們嗅到氣味，我們嘗到滋味。但對這些物体的本質，我們沒有辦法藉著我們的感覺，或者藉著思想的探討得以知道。同樣，我們不是更無法知道上帝的本質嗎？我們所得以知道的，是從上帝奇妙造物的匠意及最後之因而來的。”

在他另一部名著《光學》，第三卷第一節第29題下，牛頓寫了更多有關上帝的思想，這些思想是與他的科學思想不能分開的，他說：「若是一切的物質都是上帝造的，我們還要在別的地方，去找世界的來源，或假定自然定律會叫世界從一片混亂中產生出來，這是不合乎科學的。」

他又說：“由此看來，我們藉著自然哲學得知‘第一因’（這是指上帝而言），也知道上帝對人類掌握著何等的能力，那麼我們從自然界的亮光中，也就知道了人類對他的本分，和人類彼此的關係。”

愛因斯坦（Albert Einstein）說：科學無宗教是跛子，宗教無科學是瞎子。

湯姆生（E. Thomson）說：科學是宇宙定律的地圖；宇宙定律是宇宙能力的渠道；宇宙能力是宇宙至高心靈的表達。

美國地質學家林契（John Joseph Lynch）說：自然律深藏在地層中；鼓勵人研究自然律，可進而引導他認識自然律的作者。